Hilmi Özkök Genelkurmay Başkanlığı dönemi

28 Ağustos 2002 tarihinde Genelkurmay Başkanı oldu. 28 Ağustos 2006 tarihinde emekli olarak görevini Orgeneral Yaşar Büyükanıt'a devretti. Görev yaptığı 4 yıl boyunca, önceki genelkurmay başkanlarına nispeten sivil siyasete müdahale etmeyen bir görüntü çizdi. Bu tutumu bazı ulusalcı yazarlar tarafından eleştirildi.

Haklarında yolsuzluk, emre itaatsizlikte ısrar gibi suçlamalar bulunan birçok general hakkında askerî savcılık tarafından soruşturma yapılmasına onay vererek önceki genelkurmay başkanlarına göre farklı bir tutum sergiledi. Ancak, Şemdinli olayı soruşturmasını yürüten savcı Ferhat Sarıkaya'nın Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt hakkında yaptığı suç duyurusuyla ilgili olarak soruşturma izni vermedi.

29 Mart 2007'de Nokta dergisinin yayınladığı dönemin Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Özden Örnek'e ait olduğu iddia edilen günlüklerde, 2003 ve 2004 yıllarında bazı kuvvet komutanları tarafından planlanan "Sarıkız", "Ayışığı", "Yakamoz" ve "Eldiven" adlı askeri darbeler'e karşı çıkarak Genelkurmay Başkanlığı sırasında, Türkiye'de demokratik rejimin devamını sağladığı iddia edilmiştir. Özkök; dönemin Jandarma Genel Komutanı Orgeneral Şener Eruygur ve 1. Ordu Komutanı Orgeneral Hurşit Tolon'un Ergenekon soruşturmasında tutuklanmasından sonra verdiği bir demeçte darbe teşebbüsü iddiaları hakkında “Ne var ne de yok derim” açıklamasını yapmıştır. Yaklaşık bir yıl sonra Ergenekon soruşturması kapsamında tanık sıfatıyla bilgisine başvurulan Özkök, Ayışığı ve Yakamoz planlarından haberdar olduğunu Eldiven'i ve Cumhuriyet Çalışma Grubu'nu duymadığını belirtti. Özkök ifadesinde Ayışığı ve Yakamoz duyumunu aldığı dönemde Eruygur'a bu yönde plan ve çalışma olup olmadığını sorduğunu, "Yok" cevabını alınca da buna rağmen sık sık rektörlerin, gazetecilerin Jandarma Genel Komutanlığı'na çağrılarak görüşülmesinin yanlış anlaşılacağını söyleyerek kendisini uyardığını söylemiştir.

Bunun yanı sıra Chronicle dergisi, darbe planlarının yapıldığı günlerde Özkök'e yönelik suikast planlandığını iddia etmişti. Dergiye göre, 3 Şubat 2004'te gerçekleştirilmesi planlanan suikast, Özkök'ün kullandığı yol güzergâhını değiştirmesi ve alınan yoğun güvenlik önlemleriyle sonuçsuz kalmıştı. Özkök ise bu iddialar için "Benim konumumdaki kişilere karşı böyle girişimler olabilir. Güvenlikten sorumlu arkadaşlar önlemlerini alırlar. Çoğunlukla da komutana söylemezler bile. Tedirginlik yaratmamak için. O tarihlerde benim güzergâhım zaman zaman bir önlem olarak değiştirilirdi.'" dedi.

Özkök'ün Genelkurmay başkanlığı döneminde zehirlenmekten korktuğu için Genelkurmay yemekhanesinde yemek yemediği ve yemeklerini evden getirdiği ve GATA'daki sağlık kontrollerine gitmediği iddiaları basında yer almıştı. Özkök, yemeklerinin evden getirdiğini doğrulamış, fakat karargâhtaki yağlı yemeklerin biraz ağır olacağı düşüncesiyle evde hazırlanan hafif gıdaları tükettiğini söylemişti.