Yusuf Şimşek (1975 doğumlu futbolcu) Sonraki yılları ve Beşiktaş dönemi

Şubat 2005'te bir başka Süper Lig ekibi Akçaabat Sebatspor'a transfer edildi. Takım sezon sonunda küme düşse de 11 maçta 3 gol atan futbolcu, eski takımı Denizlispor'a geçti. İlk sezonunda Türkiye Kupası yarı finali oynadı. Sonraki sezonlarında da takımın en önemli isimlerinden oldu. Sözleşmesi biten futbolcu, 2008-09 sezonu için Bursaspor ile anlaştı.

Denizlispor ve Bursaspor'da gösterdiği performans sayesinde devre arasında eski hocası Mustafa Denizli yönetimindeki Beşiktaş' a transferi gerçekleşti. Tuttuğu takım tartışmaları ve yaşıyla ilgili eleştirilere rağmen hem Türkiye Kupası'nın, hem de Süper Lig şampiyonluğunun kazanılmasında, attığı goller ve yaptığı asistlerle büyük katkı sağladı. Ayrıca Türkiye Kupası finalinde Fenerbahçe'ye gol attı. 32 yaşında ilk kez millî takıma çağrıldı. Bu dönemdeki futbolu Roberto Carlos tarafından Zinedine Zidane' a benzetilerek övgü aldı. 2009-10 sezonunda daha az forma şansı bulan futbolcu, sezon içinde gol atamadı. Kariyerinde son kez Şampiyonlar Ligi gruplarında mücadele etti. 2010-11 sezonunun ilk yarısında Beşiktaş'ta sadece 1 lig maçında forma şansı bulan futbolcu, devre arasında takımdan ayrıldı.