Şener Özbayraklı Bursaspor

2012-13 sezonu başında takımında kalan Şener, kulübüyle görüşerek Bursaspor'a gitmek istediğini söyledi. Devre arası transfer döneminde de 750.000 TL bonservis bedeli ile bu takıma transfer oldu ve 3,5 yıllık sözleşme imzaladı. 13 Ocak 2013'te Türkiye Kupası'nda oynanan Sivasspor maçının 2. yarısında oyuna dahil olarak ilk maçına çıktı. Bu maçtan sonra ise Şener "Hayatımda iki kez heyecanlandım. İlk heyecanlandığım an U-18 millî takımının formasını giydiğim andı. Trabzon'da Rusya'ya karşı oynarken sahaya çıktıktan sonra maçın ilk 5 dakikasında resmen ayaklarım titredi. Bursaspor formasıyla sahaya çıktığımda da aynı heyecanı hissettim." ifadelerinde bulundu. Süper Lig'de ise ilk olarak 19 Ocak 2013 günü Kayserispor maçında forma giyen Şener, "22" numaralı formasıyla 90 dakika sahada kaldı. Kısa sürede takımın değşilmezi olan Şener, 2 Şubat 2013 günü ise Galatasaray karşısında forma giydi ve 90 dakika sahada kaldığı müsabakada 18.dakikada Sebastian Pinto'ya yaptığı asistle tüm dikkatleri üzerine çekti. Hikmet Karaman'ın da gelmesiyle takımın vazgeçilmezi olmaya devam eden Özbayraklı, 15 Mart 2013 günü ise Trabzonspor karşısında 11'de başlayan Şener, 44. dakikada ceza sahası dışından sağ çaprazdan düzgün ve sert vuruşuyla Onur Kıvrak'ı avladı ve takımına 3-2'lik galibiyeti getiren isim oldu. Şener maçtan sonra ise bu golle ilgili olarak "Takım arkadaşım Musa Çağıran bana, "Hep gidip orta yapıyorsun. Neden içeri girip şut çekmiyorsun?" diyordu. Maçın öncesinde de gol atmak aklımda vardı. Benim oyun yapımda hücuma destek vermek var. Asist yapmaya çalışıyordum. Anlık bir pozisyonda denk geldi. Çok güzel bir şut çıktı ve güzel noktaya gitti. Millî takım kalecisi Onur'a böyle bir gol atmak güzel oldu. Bu golle de maçı kazandık. Benim çok sayıda Trabzonlu arkadaşım var. Maçtan sonra aradılar ve bana, "Biz Trabzonsporluyuz ama yarısı kadar da senin takımın Bursasporluyuz" dediler." ifadelerinde bulundu. Şener sezonun 2. yarısında cezalı olduğu Elazığspor maçı hariç tüm maçlarda 90 dakika forma giydi. Türkiye Kupası'nda ise takımıyla 3 maça çıktı.

2013-14 sezon başında Fatih Terim'in isteğiyle transfer teklifi yapılan Şener kulübünde kaldı. Trabzonspor'da bu oyuncuya teklif yaptı ancak kulübü reddetti. Şener o sezon ilk maçına 1 Ağustos 2013'te Vojvodina karşısında çıktı ve bu maç onun kariyerindeki ilk Avrupa maçı oldu. 2 maç üstünden oynanan bu eşleşmenin 2 ayağında da 90 dakika forma giyen Şener, takımının kendi evinde 3-0 mağlup olmasını engelleyemedi ve turnuvaya veda etti. Bu mağlubiyetin ardından ise teknik direktörlüğe Alman Christoph Daum getirildi. O sezon ilk maçına Eskişehirspor karşısında çıkan Şener, yine 90 dakika forma giydi. O sezon ilk asistini ise 21 Ekim'deki Kayserispor maçında yaptı.

Trabzonspor ve Kayseri Erciyesspor maçlarında da asist yapan Şener, sezonun ilk yarısında 15 maça çıktı. Diğer 2 maçta takıın Faslı oyuncusu Michaël Chrétien Basser görev yaparken devre arasında ise Şener'e Trabzonspor ve Galatasaray'dan teklif geldi. Ga