Kulüp kariyeri
Altyapı kariyeri boyunca doğduğu bölgenin takımı olan Baník Horná Nitra'da forma giyen Škrtel, profesyonel kariyerine Trenčín kulübünde başladı ve burada göstermiş olduğu performansla Rusya ekibi Zenit'e transfer oldu. Çıkışını devam ettiren futbolcu, 2008 yılında Liverpool'a transfer oldu. 31 yaşındaki futbolcu, 6 milyon euro bonservis bedeli karşılığında Liverpool'dan ayrılarak Fenerbahçe'ye transfer olmuştur ve 2016-2019 yılları arasında Fenerbahçe'de oynamıştır. Fenerbahçe'den ayrılınca Atalanta ile sözleşme imzalayan Škrtel'in sözleşmesi fiziksel olarak yeterli olmaması sebebiyle feshedildi. Daha sonra İstanbul Başakşehir'e transfer oldu ve 2 yıllık sözleşme imzaladı. 2019-20 sezonunda lig şampiyonluğu yaşadı. Ancak aşil tendonunun kopmasıyla sezonu kapatınca İstanbul Başakşehir, yabancı kontenjanında yer açmak için oyuncunun sözleşmesini sonlandırdı.
Son olarak Spartak Trnava forması giyen Škrtel, 17 Mayıs 2022 tarihinde aktif futbolculuk kariyerine son verdiğini açıklamıştır.