Kulüp takımları kariyeri
Banská Bystrica'da doğan Hamšík, Jupie Podlavice adındaki daha küçük bir takımda kendine yer edindi. 15 yaşındayken Slovakya'nın gelecek vadeden oyuncuları arasında sayılmaya başlamıştı ve başkent ekibi Slovan Bratislava, 2002 yazında onu transfer etti.
Hamšík iki yıl Slovan Bratislava'nın genç takımında forma giyerek kendini geliştirdi ve bu süre içinde, A takımla yalnızca bir maça çıktı. A takımda oynadığı bu ilk ve tek maçta gol attı. 2004 yazında, henüz 17 yaşındayken, Serie A'nın Brescia takımına transfer oldu. Brescia, Hamšík'in transferine sadece 500 bin Avro harcadı. Hamšík, sonbaharı ve kışın ilk bölümünü yedek kulübesinde geçirdi ve ilk forma şansını Mart 2005'te Chievo karşısında buldu. İlk sezonda pek etkileyici bir performans sergileyemedi ve Brescia o yıl ligi sondan ikinci bitirerek Serie A'ya veda etti.
2005-2006 sezonunda, Brescia formasıyla 24 maça çıktı ama takımı yine hayal kırıklığı yaratarak Serie B'yi 10. sırada bitirdi. Ertesi sezon, heyecan verici orta saha oyuncusu için çıkış yılı oldu. 40 maçta 10 gol attı ama Brescia, Serie A'ya yine çıkamadı. Buna rağmen Hamšík, büyük kulüplerin takibine girdi. Internazionale, Chelsea, Liverpool ve Manchester United gibi büyük kulüpler oyuncuyla ilgilendiğini açıklasa da Napoli kulübü Slovak oyuncunun transfer savaşından galip çıkan taraf oldu.
Hamšík, 28 Haziran 2007'de Brescia'dan ayrılarak Napoli'ye transfer oldu. Napoli, Brescialı genç yetenek için 5.5 milyon Avro ödedi. Hamšík, Napoli formasıyla döndüğü Serie A'ya iyi bir başlangıç yaparak ilk maçı olan Coppa Italia mücadelesinde Cesena karşısında bir gole ve bir de asiste imza attı. Takımın ilk on birinin değişmez isimlerinden biri olmayı başaran Hamšík'in takım içerisinde kilit rol oynamaya başlamasıyla Napoli ligi 8. sırada tamamladı. 2007-2008 sezonunda 37 lig maçında kaydettiği 9 golle Napoli'nin en golcü futbolcusu olan Hamšík, orta sahanın ortasında ve solunda etkinlik göstererek form grafiğini yükseltti.
2021-2022 sezonunda, Trabzonspor formasıyla 32 maça çıktı, 29 maçta direkt ilk 11 başlayan Hamšík, sezon boyunca 2 gol 3 asistlik performans gösterdi ve sezonu 81 puan ile 1. sırada tamamlayarak kariyerindeki ilk şampiyonluğu kazanmış oldu.
1 Haziran 2023 tarihinde Mehmet Ali Yılmaz Tesisleri'nde düzenlediği basın toplantısında futbolu bırakacağını açıkladı. 3 Haziran 2023 tarihinde, Trabzonspor ile kariyerindeki son maçına Alanyaspor karşısında çıkarak futbola veda etti.