Kulüp takımları kariyeri
Profesyonel futbol yaşantısına Avustralya'daki Hırvat göçmenlerin kurduğu ve yönettiği bir takım olan North Geelong Warriors'ta başlayan Josip Skoko, 1995-1999 yılları arasında Hırvatistan'ın Hajduk Split ve 1999-2003 yılları arasında Belçika'nın Racing Genk takımlarında oynadı. Şampiyonluk yaşadığı Genk'te kaptanlık pazubandını da takmaya başlayan Skoko, 2003 yazında, 2.5 milyon dolar ücret karşılığında Gençlerbirliği takımına transfer oldu. Gençlerbirliği formasıyla 75 resmi maçın 70'inde ilk on birde çıktı, 7 gol attı ve 14 kez sarı kart gördü. Gençlerbirliği'nin UEFA Kupası'nda elde ettiği başarılarda pay sahiplerinden biri oldu. Geçirdiği iki başarılı sezonun ardından teknik direktör Ziya Doğan ile yaşadığı sorunlar ve futbol yaşantısını İngiltere'de sürdürmek istemesi nedenleriyle 2005 yazında İngiltere'nin Wigan Athletic takımına transfer oldu. Ada futboluna hemen ayak uyduramayan Skoko, ilk sezon takıma girmekte zorlandı. Bu nedenle, devre arasında Stoke City'ye yarım sezonluğuna kiralandı. Stoke City'de gösterdiği başarılı performansın ardından 2006-2007 sezonunda Wigan Athletic'teki yerini sağlamlaştırdı; ancak 2008 yaz döneminde takımı Olembé ile birlikte biten sözleşmesini yenilemedi ve İngiltere'deki çalışma izni iptal oldu. Avustralya millî futbol takımına da 2007'de veda ettiğinden vize alamayacak durumdaki futbolcu, 2008'de Hırvat kulübü Hajduk Split'e geri döndü. 2010-2011 sezonunu geçirdiği Melbourne Heart'ta futbol kariyerine nokta koydu.