İlkay Gündoğan Borussia Dortmund

2011-12 sezonunda Real Madrid'e transfer olan Nuri Şahin'in yerine önceki sezonun Almanya şampiyonu Borussia Dortmund'a 4 milyon avro karşılığında transfer oldu. 23 Temmuz 2011'de Schalke 04 ile oynanan Süper Kupa ile ilk resmî maçına çıktı. 90 dakika forma giyen futbolcu, doğrudan penaltılara gidilen maçta takımının ilk penaltısını gole çevirdi ancak 3-4 yenilerek kupayı kaybettiler. Bir hafta sonra ise Almanya Kupası'nda ilk asistini yaptı.

Ligde ilk 10 hafta forma giyen futbolcu daha sonra ilk 11'deki yerini kaybetse de ara ara kadroya girmeyi sürdürdü. Dortmund'daki ilk golünü ise 17 Aralık 2011'de SC Freiburg'u 4-1 yendikleri maçta kaydetti. Sezon içinde ilk kez Avrupa maçına çıkan futbolcu UEFA Şampiyonlar Ligi'nde 2 maçta forma giyse de grup sonuncusu olarak elendiler. Gündoğan, sezonun ikinci yarısında ise performansını yükseltti. Almanya Kupası yarı finalinde Greuther Fürth karşısında penaltılara gitmesi beklenen maçın 120. dakikasında gol atarak takımını finale çıkaran isim oldu. Ligde de performansı, attığı goller ve asistleri ile etkili bir görünüm sergileyen Gündoğan, Dortmund ile Almanya şampiyonluğu yaşadı. 12 Mayıs 2012'de ise FC Bayern Münih'i Almanya Kupası finalinde 5-2 yenerek sezonun ikinci kupasına sahip olurken, Gündoğan 90 dakika sahada kalmıştı.

Dortmund'daki ikinci sezonunda da takımının her kulvarda FC Bayern ile başa baş verdiği mücadele takımının en önemli isimlerinden biri oldu. Ancak Süper Kupa mağlubiyeti ile başlayan sezonda ligi ve kupayı da rakiplerine kaptırdılar. Ancak UEFA Şampiyonlar Ligi finaline çıkmaya başardılar. Finalde de FC Bayern ile karşılaşan takımda Gündoğan, takımı 1-0 mağlupken kazanılan penaltıyı gole çevirerek takımını umutlandırdı. Ancak maçı 2-1 kaybederek sezonu kupasız kapamış oldular.

Gündoğan, 2013-14 sezonuna da hızlı başladı. 27 Temmuz 2013'te FC Bayern Münih ile oynanan Almanya Süper Kupası maçında maç 1-1 devam ederken, takımını 2-1 öne geçiren golün asistini yapıp bir dakika sonra ise kendisi bir gol kaydetti. Maçı 4-2 kazanan Dortmund, sezona kupayla başlamış oldu. Kupa ve ligde bir maça çıktıktan sonra ise millî takımda omuriliğinden sakatlık geçirerek sezonun ilk yarısında forma şansı bulamadı. 28 Mart tarihinde, Barcelona kulübü doktorları Almanya'da baştan aşağı sağlık kontrolünden geçirdi.