Kulüp kariyeri
Mondragón, Deportivo Cali, Independiente Santa Fe (Kolombiya), Cerro Porteño (Paraguay), Argentinos Juniors, Independiente (Arjantin), Real Zaragoza (İspanya), FC Metz (Fransa), Galatasaray takımlarında forma giymiştir.
2001-2007 yılından arasında 6 sezon Galatasaray'ın kalesini korumuştur. 2001-2002 sezonu başında kadrosu tamamen dağılan ve maddi imkânsızlıklar yüzünden transfer yapamayan Galatasaray'a küme düşen Fransız kulübü Metz'den kiralanmıştır. Kulüp ertesi sezon bonservisini alabilmek için Beşiktaş'la yarışa girmiş ve Mondragón'nun bonservisini satın almayı başarmıştır. 6 sezonda takımıyla 2 lig ve 1 Türkiye kupası kazanmıştır.Özellikle birçok Avrupa maçında ön plana çıkmış ve Şampiyonlar Ligi'nde 2 kez haftanın futbolcusu seçilmiştir. Türkiye'ye nişanlısıyla çok çabuk uyum sağlayan "Mondi" sarı kırmızılı taraftarlarla duygusal bir bağ kurmuş ve Ali Sami Yen'de senelerce "I love you Mondi" tezahüratlarıyla çağrılmıştır. Dindar kişiliğiyle de ön plana çıkan kaleci maçlarda sürekli hac çıkararak ve dua ederek kameralara yansımıştır.Ayrıca Florya personeli tarafından da çok sevilen kaleci dini bayramlardan önce personele yaptığı maddi yardımlarla uzun süre gündemde kalmıştır.
2005 yazında Palermo ile her konuda anlaşmış fakat teknik direktör Eric Gerets'in isteğiyle sözleşme yenilenmiştir. 2007-2008 sezonu öncesi kulüp bu talepleri kabul etmemiş ve zaten gençleştirme operasyonu yapılmasından da dolayı sözleşme yenilenmemiştir. Christoph Daum'un isteğiyle Köln'e transfer olmuştur. Ancak Galatasaray kendisine veda yemeği düzenlemiş ve Köln ile oynanan hazırlık maçında plaket vermiştir. Faryd Mondragón Galatasaray'ın kaptanlarından biridir.
30 Ocak 2012'de ilk profesyonel takımı Deportivo Cali ile bir yıllık sözleşme imzalamış ve futbolu burada bırakacağını açıklamıştır.