Futbol Kariyeri
Futbola sekiz yaşında AS Billère takımında başladı. Hırsıyla dikkat çekti ve 16 yaşında doğduğu yerin takımı Pau FC'ye transfer oldu. 1996-97 sezonunda A takıma çıktı.
1997'de Paris Saint-Germain'e transfer oldu. 3'ü Şampiyonlar Ligi olmak üzere, 20 maça çıktı. Şampiyonlar Ligi maçlarından birinde gelecekteki takımı Beşiktaş'a karşı oynamıştı. 1998'de Coupe de la Ligue ve Coupe de France'ı kazandılar.
1998-99 sezonunda tecrübe kazanması için, bir sezon önce beraber forma giydikleri Paul Le Guen'in ilk teknik adamlık deneyimini yaşadığı Stade Rennais FC takımına kiralandı. Toplam 31 maçta oynayıp 3 gol attı.
Başarılı kiralık döneminden sonra 3 sezon boyunca PSG'de forma giymeye devam etti. Ali Benarbia, Laurent Robert ve Jay-Jay Okocha ile birlikte takımın orta sahasını oluşturdu. 3 sezonda lig, kupa ve Avrupa Kupaları'nda (Şampiyonlar Ligi, UEFA ve Intertoto Kupası) toplam 110 maç oynadı. İlk sezonunda Ligue 1'de 7 puan farkla lig ikincisi oldular. Lig Kupası'nı finaline çıksalar da kupayı Lens'e kaptırdılar. Sonraki sezon Real Sociedad tarafından transfer edilmek istese de Cisse, PSG'de kalmayı tercih etti. 2000-01 sezonunda büyük bir başarı elde edemediler. 2001-02 sezonunda ise UEFA Intertoto Kupası kazanılıp, UEFA Kupası'na gidildi. Ancak, Cisse forma giymesine rağmen yeni teknik adam Luis Fernandez ile anlaşamadı. Bu yüzden Cisse bir kez daha kiralandı.
2002-03 sezonunda ilk kez ülkesinden ayrılıp West Ham United'a transfer oldu. Sezon sonunda takım kümeye düşse bile Cisse, takımda düzenli olarak oynadı.
2003-04'te ise Didier Deschamps'un isteği ile Monaco'ya kiralandı. Monaco'da çok iyi bir sezon geçirdi, 31 maçta oynayıp 3 de gol attı. Asıl patlamasını Şampiyonlar Ligi'nde yaptı. 13 maçta oynayıp 2 gol attı. Bu gollerden birini Monaco'nun Deportivo'yu 8-3 yendiği maçta attı. Final maçında 64 dakika forma giydi ve yerini Shabani Nonda'ya bıraktı. Ancak finalde Porto'ya 3-0 yenilerek, ikinci oldular. Bu ikincilik Monaco tarihinin hala en büyük Avrupa başarısıdır. Bu başarılı performans sayesinde PSG'ye bir kez daha geri döndü.
2004-07 arasında 3 sezon daha PSG'de oynadı. Kulüp 3 sezonda 4 hoca değiştirirken, bir istikrar sağlayamadı. Buna rağmen Cisse, her sezon ligde 30 maçın üstünde forma giydi. Tüm kupalar birlikte 125 maçta 3 gol buldu. Bu dönemde kazandığı tek kupa 2006'daki Coupe de France oldu.
2007'de ikinci kez ülkesinden ayrılıp Beşiktaş ile 2 milyon euro'ya 2 yıllık imza attı. İlk sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde grup sonunculuğu ve ligde ezeli rakipler Galatasaray ve Fenerbahçe'nin ardından 3. olmaları nedeniyle başarı kazanamadı. Ancak sonraki sezon Beşiktaş, hem Türkiye Ligi hem de Türkiye Kupası'nı kazanırken, Cisse de performansıyla takıma yardım etti. 86 maça çıktığı Beşiktaş'ta 4 gol attı ve sözleşmesi bitince takımdan ayrıldı.
Haziran 2009'da Monaco'daki hocası Deschamps'ın isteğiyle eski takımı PSG'nin ezeli rakibi Marseille'ya imza attı.
Cissé, 18 Ağustos 2011 tarihinde Auxerre ile anlaştı.
Senegal asıllı Fransız