Kulüp kariyeri
Futbola ülkesinde Svoboda altyapısında başlayan Botonjič, Gorica'da bir yıl oynadıktan sonra Gençlerbirliği'ne transfer olarak Türkiye'ye geldi. Buradaki ilk iki yılında PAF Ligi'nde görev aldı ve 52 maçta forma giydi. Ekim 2002'de ilk Süper Lig maçına Denizlispor karşısında çıktı. Bu sezonda sadece 4 maçta forma giyen kaleci, 2003-04 sezonunda Blackburn Rovers ile oynanan UEFA Kupası karşılaşmasında sakatlanan Gökhan Tokgöz'ün yerine oyuna girdi ve bu maçtan sonra birinci kaleci olarak görev yapmaya başladı. Bu dönemde gösterdiği iyi performansla Gökhan iyileştikten sonraki dönemde de bazı maçlarda forma şansı bulmayı başardı. Bu sezonda 19 Süper Lig, 5 Türkiye Kupası maçında ve UEFA Kupasında oynanan maçlarda görev yaptı. 2003-04 sezonu sonunda sözleşmesi biten oyuncu boşta kaldı ve Şubat 2005'te Slovenya'nın Ljubljana takımıyla anlaştı. Prva Liga'da 14 maça çıkan oyuncu daha sonra altyapısında oynadığı Svoboda'ya geçti. 2006 yılında buradan ayrılan futbolcu uzunca bir süre boşta kaldı. 2009 yılında İkinci Lig takımı Livar ile anlaştı ve burada 11 maçta oynadı. 14 Temmuz 2009'da Olimpija Ljubljana takımıyla sözleşme imzaladı.