Kulüp kariyeri
Henüz dokuz yaşındayken Atlético Mineiro tarafından keşfedilen Lincoln, profesyonelliğe adım attığı 1997 yılından 2001 yılına kadar bu kulübün formasını giydi. 2001 yılında Bundesliga ekiplerinden Kaiserslautern'e transfer oldu.
İlk sezonunda üstün bir performans sergileyen Lincoln, 2001-2002 sezonunda Bundesliga'da oynadığı yirmi bir maçta, sekiz gol kaydetti. 2001-2004 yılları arasında Kaiserslautern'de forma giyen Lincoln, bu forma altında çıktığı 53 maçta, 22 gol attı.
2004 yılında Schalke 04'e transferi gerçekleşti. 2004-2005 sezonunda Schalke'nin DFL-Ligapokal'a ulaşmasında büyük rol üstlendi. Aynı sezon Bundesliga'da çıktığı yirmi sekiz maçta, 12 gol atan Lincoln, Schalke'yi Bundesliga ikinciliğine ve DFB-Pokal finaline taşıdı.Aynı zamanda 2006 sezonunda Alman futbolunun en iyi oyuncusu seçilip değerini 26 milyon euro gibi yüksek bir bonservis ücretiyle zirvede tamamlamıştır.
2004-2007 yılları arasında Schalke 04 forması altında çıktığı seksen üç maçta, 40 gol kaydeden Lincoln, Bundesliga'daki son sezonunda yirmi üç karşılaşmada, 3 gol ve 13 asist kaydetti.
Lincoln, Haziran 2007'de Galatasaray'a transfer oldu. İstanbul'a ayak bastığı anda Atatürk Havalimanı'nda 5.000 Galatasaray taraftarının karşıladığı Lincoln, oynadığı ilk iki resmî maçında da gol atarak beklentileri daha da arttırmıştır. 7. haftadaki Beşiktaş maçında kadro dışı kalması ile performansı düşmüş ve sık sık sakatlık geçirmiştir. Michael Skibbe'nin gelmesiyle performansı artan ve taraftarlar tarafından oldukça özlenen Lincoln eski formuna geri dönmüştür. Lincoln, 3 Aralık 2008 tarihindeki UEFA Kupası B Grubundaki Hertha Berlin karşılaşmasında ilk defa takım kaptanı olarak sahaya çıkmıştır.
2008-2009 sezonunda 17'si Turkcell Süper Lig'de, 9'u UEFA Kupası'nda, 3'ü Fortis Türkiye Kupası'nda olmak üzere toplam 29 asist yapmıştır. 2'si UEFA Kupası, 11'i Süper Lig'de olmak üzere toplam 13 gol atmıştır. 2008-2009 sezonunu 39 maçta 29 asist 13 gol gibi bir istatistikle tamamlamıştır. Hem UEFA Kupası'nda hem de Turkcell Süper Lig'de kendi kategorisini zirvede bitirmiş ve asist kralı olmuştur.
Temmuz 2009 yılında sözleşmesi Galatasaray Spor Kulübü tarafından tek taraflı feshedilmiştir. 7 Şubat 2010 tarihinde ise resmî olarak Brezilya'nın Palmeiras takımına 2.166.000 milyon euro bonservis ücreti karşılığında transfer olmuştur. Palmeiras'ta 24 Maça Çıkmıştır, 8 gol, 6 asist yapmıştır. 2011-2012 sezonu için Avai takımına kiralanmış bu takımda ise 17 maça çıkıp 3 gol atmıştır. 2012 transfer döneminde Coritiba'ya transfer olmuştur.
Cassio Lincoln Mart 2014'te, yıl sonuna kadar Bahia'ya kiralık verildi.
13 Ocak 2016 tarihinde Florida'da yapılan maçta jübile yaparak futbolu bırakmıştır.