Brezilya ve Meksika yılları
Ailton, futbola Mogeiro EC takımında başladı. 1993'te 20 yaşındayken Ypiranga FC takımında keşfedilip profesyonel yapıldı. Brezilya'nın güneyinde yer alan Rio Grande do Sul eyaletinin ligi olan Campeonato Gaúcho'de forma giymeye başladı. 1994 yılında ise Mogi Mirim DC takımına kiralandı. Bu takımla ilk kez Brezilya birinci liginde forma şansı buldu. 28 maçta 8 gol kaydederek büyük takımların da dikkatini çekti.
1995'te kirası biten Ailton, Ypiranga'ya geri döndü. Campeonato Gaúcho'da attığı 16 golle ligin gol kralı oldu.
1997-98 sezonunun ortasında ilk kez ülkesinden çıkan Ailton, Meksika ekibi Tigres UANL'e transfer oldu. Burada 23 maçta 5 gol kaydetti.
Werder Bremen
Ailton, 1998-99 sezonunda Avrupa sahnesine Alman ekip SV Werder Bremen'e katılarak çıktı. Bremen'in kötü bir sezonunda takıma dahil olan Ailton, takımda sadece 12 maç forma giyebildi ve 4. forvet tercihi oldu. Buna rağmen 17 Ekim 1998'de çıktığı ilk Bundesliga maçında SC Freiburg ağlarını havalandırdı. Özellikle Felix Magath'ın son dönemlerinde, ikinci yarılarda oyuna dahil oldu. Küme düşmekten zor kurtulan Werder Bremen, DFB-Pokal'ı ise Bayern Münih'i penaltılarla yenerek kazandı. Ailton sadece yarı finalde forma giymişti.
1999-2000 sezonu Ailton'un kendini kanıtladığı sezon oldu. Thomas Schaaf yönetimindeki takımda Ailton, Marco Bode'nin bir gol gerisinde takımın en golcü ikinci ismi oldu. Ailton sadece golleriyle değil, 10 asistle de takımının en çok asist yapan ismiydi. 19 Eylül 1999'da o sezon ilk kez ilk 11'de çıktığı maçta VfL Wolfsburg'a karşı bir gol iki asistle oynadı ve formayı kaptı. Takım ligi orta sıralarda bitirdi. Kupada ise yine finale çıktılar ancak Bayern Münih bu sefer kupayı aldı. Ailton kupada da 4 gol kaydetti. İlk kez Avrupa Kupaları'nda oynayan Ailton, UEFA Kupası'nda 9 maç oynadı ve 1 gol, 2 asist yaptı. Werder Bremen, çeyrek finalde kupa ikincisi Arsenal'e elendi.
2000-01'de Ailton, Claudio Pizarro ile iyi bir forvet ikilisi oluşturdu ve Pizarro'nun ardından takımın en golcü ikinci ismi oldu. Ailton, 14 gol atsa da takım halen ligde başarı elde etmekten uzaktı. UEFA Kupası'nda 3. tura çıktılar. Ailton, Bremen kariyerindeki ilk resmî hat-trick'i Antalyaspor karşısında yaptı. İkinci turdaki RC Genk maçında ise kırmızı kart görüp takımını yalnız bıraktı. Kupada iki sezondur başarı kazanan Bremen'de bu sefer kupada da başarı gelmedi.
2001-02 sezonunda Pizarro'nun gitmesiyle takımın hücum yükü Ailton'a kaldı ve Ailton 16 golle takımın en golcüsü oldu. Sezona Intertoto Kupası'yla UEFA'ya katılma umuduyla giren Bremen, AA Gent'e ilk turda elenip hayal kırıklığı yarattı. Ailton ise 2 maçta 2 gol attı. Almanya Kupası'nda ise 2. turda elendiler. Ailton burada da 2 maçta 2 gol kaydetti. Ligi 6. bitiren Bremen, UEFA Kupası vizesini aldı. 2004'te Almanya'nın en iyi oyuncusu seçilen Ailton, bu unvana ulaşan ilk yabancı futbolcu oldu.
2002-03 sezonunda da Ailton yine 16 golle takımın en golcü ismiydi. Ancak Bremen yine lig 6.sı oluyordu. Ailton, kariyerinin ilk lig hat-trick'ini de 1. FC Nürnberg'e yaptı. Almanya Kupası'nda yarı finalde elenirlerken, Ailton sadece bir gol kaydedebildi. Avrupa'da ise ikinci turdan elendiler.
2003-04 sezonuna Werder Bremen iyi başlamamıştı. Intertoto Kupası'nda ilk turda Fransız ikinci liginde O.G.C. Nizza'yı zor eleyen Bremen, Avusturya liginden SV Pasching'e ise elenmişti. Ailton, 4 maçta gol atamamıştı. Takım lige orta karar bir başlangıç yaparken, Ailton ligin ilk maçında Hertha Berlin ağlarını iki kez sarsıyordu. 9. hafta en kötü derecesi olan dördüncülükte olan takım daha sonra yükselişe girip, 16. hafta kazandığı liderliği sezon sonuna dek götürüp Bundesliga şampiyonu oldular. Ailton ise Roy
Schalke 04
Bremen şampiyonluğundan sonra Ailton, önceki sezonun 7.'si Schalke 04'e transfer oldu. Schalke 04 ile UEFA Intertoto Kupası'nı kazanıp, UEFA Kupası'na katılmayı hak kazandılar. Ailton, 6 maçta 4 gol attı. Ligde ise üçüncü hafta kırmızı kart gördü. Kendisinin 4. maçı olan ligin 9. haftasında golle tanışabildi. Ailton'suz çıktığı ilk maçta lig 17.'liğine düşen Schalke, daha sonra toparladı ve 11. hafta ikinciliğe çıktı ve iki hafta üçüncü, bir hafta da liderlik dışında sezon sonuna kadar bu dereceyi korudu. Ailton, geçen seneki kadar gol atamasa da 14 golle takımının en golcü ismiydi. Takımın gol yükünü orta saha oyuncusu Cassio Lincoln ile taşıyordu. Almanya Kupasında da finale çıkan Schalke, şampiyonluğu kaptırdığı Bayern Münih'e kupayı da kaptırdı. Avrupa'da ise UEFA gruplarına kalan takım, grup sonrası ilk turda Shakhtar Donetsk'e elendi. Ailton sadece bir gol kaydedebildi.
Beşiktaş JK
Schalke 04'te bir sezon kalan Ailton, 2005'te Türkiye'ye gelip Beşiktaş forması giymeye başladı. Schalke'nin Ailton'u bırakmasının en büyük nedenlerinden biri yaşadığı sakatlık olmuştu. 14 Ağustos 2005'te Denizlispor karşısında ilk maçına çıkan Ailton, 60 dakika forma giyip ilk golünü de kaydetmişti. 14 lig maçında 5 gol kaydetti. Sivasspor'la oynanan lig maçında 23. dakikada takımı 1-0 yenikken kırmızı kart görmesiyle çok eleştirildi. Maçtan sonra yönetimden ceza alan Ailton, disiplinsizlikle suçlandı. 6 Ocak'ta SV Werder Bremen ile hazırlık maçı yapan Beşiktaş'ta Ailton, eski takımına karşı hat-trick yaptı. Ocak 2006'da, Teknik direktör Jean Tigana ile anlaşamayan ve kendisine forma şansı verilmeyen, kendine kulüp bulamayan Aílton, ülkesi Brezilya'ya kaçma girişiminde bulunmuş, ancak Beşiktaş'ın geçici menajeri Mehmet Ekşi tarafından havaalanında durdurulmuştur. 21 Ocak'ta Beşiktaş'la son lig maçına çıkan Ailton, Kayseri Erciyesspor'a da bir gol kaydetti. Bir maçta birkaç gün sonra Alman ekibi Hamburg'a kiralandı ancak kulüpteki ikinci gününde çenesini kırdı. UEFA Kupası'nda da forma giyen Ailton, iki gol atmıştır. Ailton Beşiktaş kariyerinde toplam 17 maçta 7 gol atma başarısı göstermiştir.
