Kulüp takımları kariyeri
Almanya'nin Nürnberg kentinde doğmuş ve 1984'te kadar yaşamış olan Eser 1991 yılında 3. Lig ekiplerinden Antalya Köy Hizmetleri Spor'da başladı. Burada bir sezon genç yaşına rağmen oldukça başarılı performans gösterdikten sonra memleketinin futbol takımı olan Konyaspor ile profesyonelliğe geçiş mukavelesi imzaladı ve Konyaspor'daki ilk sezonundan itibaren gösterdiği futbolla büyük takımların dikkatini çekmeye başladı. Neticesinde Beşiktaş'nın teknik direktörü Christoph Daum Konyaspor'un birkaç 1. Lig maçını izlemesinin ardından Sertan'ı çok beğenerek Almanya millî futbol takımının ünlü oyuncusu Pierre Littbarski'ye benzetti ve Sertan'ı ısrarla kendi takımında görmek istediğini belirtti. Bunun üzerine Sertan Eser o dönem alışık olunmayan yüksek bir transfer ücretiyle Beşiktaş transfer oldu. Beşiktaş'ta düzenli oynama fırsatı bulsa da beklenenin altında kaldı ve üç sezon Beşiktaş'ta oynadıktan sonra birer sezonda kiralık olarak Adanaspor, Yozgatspor ve İstanbulspor oynadı. Ardından bu kiralık oynadığı dönemler arasında Beşiktaş'a kısa süreler için geri dönsede takımda yer bulamadı ve neticesinde 2001 yılında Beşiktaş'la sözleşmesini karşılıklı feshedip Malatyaspor'a transfer oldu. Daha sonralar Bursaspor, Diyarbakırspor, Gençlerbirliği, İstanbul Büyükşehir Belediyespor ve Kasımpaşa oynadı. Son olarak 2009-2010 sezonunun ilk haftalarında transfer olduğu Sakaryaspor'da oynadı. 2010-11 sezonunun devre arasında futbola veda ettiği açıklayarak Sakaryaspor'dan ayrıldı.