Selman Reis Osmanlı amirali olduğu dönem

Pargalı İbrahim'in 1524'te Mısır'a gelişiyle birlikte Selman Reis tekrar göze girdi. Hint Okyanusu'nun durumu hakkında ayrıntılı bir rapor hazırladı. Etiyopya, Yemen ve Swahili Sahili'nin işgal edilmesini ve Portekizlilerin Hürmüz, Goa ve Malacca'dan tahliye edilmesini önerdi. 1525'te Portekizliler Kızıldeniz'e baskın düzenleyerek filoları ile Mısır'da tehdit oluşturmaya başladı.

1525'te Selman Reis, 18 gemi ve 299 toptan oluşan bir Osmanlı filosunun başına amiral olarak getirildi. Gemiler terkedilmiş Cidde filosundan alınıp Süveyş'te yenilenmişti. Yaklaşık 4.000 piyadeye liderlik eden Hayreddin el-Rumi ile işbirliği halindeydi. 1526'da Süveyş'ten ayrıldılar ve ilk başta Cidde'de düzeni geri kurdular. Ocak 1527'de Muha'ya indikten sonra bölgeyi kontrol altına almak için Yemen içlerine doğru bir sefer düzenledir. Seferde başarılı olup Mustafa Bey'in kafasını kestiler. Aden bağımsız olarak kaldı ancak Osmanlı hakimiyetini tanıdı. Filo daha sonra Kamaran'da bir deniz üssü kurmak için ayrıldı. Bu, Osmanlıların Kızıldeniz'in kontrolünü yeniden ele geçirmesine önayak oldu ve Portekizliler ilk kez 1527'de Kızıldeniz'e bir donanma gönderemez hale geldiler.

Bu başarının ardından, Hint Okyanusu'ndaki çeşitli hükümdarlar Portekizlilere karşı Osmanlı'dan yardım istedi: Hürmüz'ün Veziri ve Kozhikode'nin Zamorin'i bunlardan bazılarıydı.

1528'de Osmanlı paralı askerleri Endonezya'da bulunan Sumatra bölgesindeki İslami gemilerde de yer alıyordu.

Ancak bu süreden sonra Selman Reis'in Hayreddin el-Rumi ile bir anlaşmazlığa düşmesi bu çabaları büyük ölçüde zayıflattı.

Selman Reis daha sonraki zamanlarda Hindistan'daki Müslüman mülklerini Portekiz ve onların Hindu müttefiklerine karşı savunmakla meşgul oldu. 1538'deki Diu Kuşatmasına kadar Diu'da, Osmanlı yanlısı kuvvetleri, bu bölgede görev yapan Hoca Sefer'in emri altına yerleştirmeye devam etti.