Kulüp takımları kariyeri
Futbola Zeytinburnuspor altyapısında başlayan Mustafa Aydın, Türkiye 17 yaş altı millî futbol takımına çağrılınca Zeytinburnuspor'da a takıma alındı. Zeytinburnuspor için ilk resmî karşılaşmasına 31 Ağustos 2003 tarihinde Kastamonuspor'a karşı oynanan 3. Lig karşılaşmasında çıktı.
Aydın, 2004-2005 sezonunda Süper Lig ekiplerinden Çaykur Rizespor'a transfer oldu ve burada bir sezon sadece A2 ekibinde görev aldıktan sonra 2. Lig ekiplerinden Kardemir Karabükspor'la anlaştı. Burada ilk sezon dört resmî karşılaşmada görev aldı ve ikinci sezonu kiralık olarak Oyak-Renault'ta geçirdi. 2006-2007 sezonunda Tepecikspor'da oynadıktan sonra Süper Lig ekiplerinden Ankaragücü'ne transfer oldu. Ankaragücü sadece bir karşılaşmada görev aldı ve bir sezonu Sakaryaspor'da, bir sezonu da Karşıyaka'da olmak üzere iki sezonu kiralık olarak geçirdi. 2009-10 sezonuna Mersin İdman Yurdu'na kiralandı.
Mustafa Aydın, 27 Eylül 2010 tarihinde İzmir'de geçirdiği trafik kazasında nişanlısını kaybetti ve ağır yaralandı. 4 ay yoğun bakımda kalan Aydın, 8 ayın sonunda taburcu edildi. İyileşmesi yaklaşık 3 yıl süren Mustafa Aydın, iyileştikten sonra profesyonel futbola dönemedi.