Moralı Seyyid Ali Efendi İç siyaset

İstanbul'a döndükten sonra bir müddet Boğaziçi'nde Kuleli'deki yalısına çekildi ve ardından III. Selim'in reformlarına iştirak edecek vazifelere getirildi. 28 Ocak 1803'te başmuhasebeci oldu. 1804'te şıkk-ı sâlis defterdarlığına eşit ve bahriye hazinesinden sorumlu olmak üzere yeni bir teşkilât halinde kurulan Tersane eminliğine getirildi. Bir müddet sonra bu emanet Umûr-ı Bahriyye Nezâreti olarak değiştirildiğinden kendisi Umûr-ı Bahriyye nâzırı oldu. 1806'da bu önemli görevden azledildi. Bu sıralarda reformların sonunun göründüğü zor bir döneme geçilmişti. 1807'de Kabakçı Mustafa İsyanı'nı Nizâm-ı Cedîd taraftarı olmakla beraber bir felâkete uğramadan atlattı.

Yeni padişah IV. Mustafa tarafından 31 Temmuz 1807'de Defterhâne-i Âmire eminliğine tayin edildi. Bu sırada III. Selim'i tekrar tahta çıkarmak isteyen Alemdar Mustafa Paşa'nın darbe girişimi meydana geldi. Seyyid Ali'nin de bu grupla irtibat halinde olduğu anlaşılmaktadır. III. Selim öldürülüp ve IV. Mustafa tahttan indirildiğinde Seyyid Ali Efendi, II. Mahmud ve Alemdar Mustafa taraftarı olarak hizmet etmeyi sürdürdü. Rusçuk yâranından Râmiz Abdullah Paşa vezirlikle Kaptan-ı derya olduğunda Seyyid Ali yeniden 10 Eylül 1808'de Umûr-ı Bahriyye Nâzırlığı'na getirildi. Bir müddet sonra hazırlanan Sened-i İttifak belgesine imza atanlar arasında yer aldı.

17 Kasım 1808'de yeniçeriler Alemdar Mustafa Paşa'ya karşı bir darbe girişiminde bulunduklarında Seyyid Ali Efendi, denizden yeniçeri kışlalarını topa tutan Râmiz Abdullah Paşa ile birlikte gemide bulunuyordu. 19 Kasım'da asilerin sözcüsü haline gelen kaymakam Çarhacı Ali Paşa vasıtasıyla Kadı Abdurrahman Paşa ve Râmiz Abdullah Paşa yanında Seyyid Ali Efendi'nin de kellesi istendi. Asilerin IV. Mustafa'nın tekrar tahta çıkarılması için gösterilerde bulunması üzerine bu üçlü grup II. Mahmud'a kardeşinin öldürülmesi gerektiğini telkin etti. Böylece IV. Mustafa boğularak öldürüldü. II. Mahmud, hânedanın tek erkek üyesi sıfatıyla tahtını sağlamlaştırırken Seyyid Ali de eski bir padişahın öldürülmesi işine karıştığından hayatını büyük bir tehlike içine atmış bulunuyordu. Bu arada olaylar âsilerin lehine gelişiyordu. Üçlü grup, II. Mahmud'un izniyle Yalı Köşkü'nden bir tekneye binerek saraydan ayrıldı. Üsküdar'a çıkmaları engellendiğinden yanlarındaki adamlarıyla birlikte başka bir tekneye aktarılıp Marmara Denizi'ne doğru yelken açıldılar. II. Mahmud ise tahtını korumuş olmakla beraber asilerin isteklerine boyun eğmek ve bu üçünün idamına onay vermek zorunda kaldı. Bunlar Yedikule açıklarındayken bir brike binen yeniçeriler tarafından takip edilmeye başlandı. Ancak Yeşilköy'de karaya çıkarak buldukları atlara binip kaçmayı başardılar.

Seyyid Ali ve iki yoldaşı Çatalca'da eski Kırım hanlarından Selim Giray'ın çiftliğine sığındı. Kadı Abdurrahman Paşa, Anadolu'da Alâiye tarafına doğru kaçtı, Râmiz Abdullah Paşa, Rusya'ya sığındı ve eski vatanı Kırım'a yerleşti. Ancak 1813'te döndüğünde idam edildi. Seyyid Ali Efendi İstanbul'a dönerek önce gizlen