Paraná Clube
Nobre profesyonel futbola Paraná Clube takımında başladı. 1999'da Brezilya birinci liginde forma giymeye başladı. 9 Ekim 1999'da 19 yaşındayken ilk maçına Corinthians karşısında Fernando Diniz'in yerine oyuna girerek çıktı. Nobre sezonda toplam 7 maça çıktı. İkinci resmî maçında 16 Ekim'de Gama karşısında yine yedeklerden oyuna giren Nobre kariyerinin ilk golünü kaydetti ve Parana maçı bu golle 1-0 kazandı.
2000 sezonunda Brezilya Lig formatı değişti. Nobre'li Parana eleme gruplarında kendi grubunda 3. olarak, kupa usulü oynanan lige kaldı. Parana son 16'yı geçerek, çeyrek finale çıktı ancak o sezon şampiyon olan Vasco de Gama'ya elendi. Nobre de final turlarında oynanan 4 maçın 2'sinde oyuna girdi. Bu sezon ilk kez Brezilya Kupası'nda 2 maçta forma giydi.
Nobre özellikle 2001 sezonunda takımının önemli isimlerinden biri oldu. Özellike ligin sonlarına doğru ilk 11'de forma giymeye başalyan Nobre 25 maçta 11 gol kaydetti. Goiás takımına karşı kariyerinin ilk hat-trick'ini kaydetti. Maçı da takımı 3-1 kazandı. Ancak ligde başarı sağlayamadılar ve 14.cü oldular. Bir önceki sezon olduğu gibi kupada da 2 maça çıktı.
2002 sezonunda da takımın önemli isimlerinden olan Nobre oynadığı ilk 4 maç gol atamasa da 5. maçında Brezilya'nın önemli takımlarından Palmeiras'ı 5-1 yendikleri maçta 4 gol kaydetti. Toplamda ise 24 maçta 12 gol attı. Takımının en golcü ikinci ismi Nobre'nin bu performansına rağmen Parana, düşmekten sadece 2 puanla kurtuldu. Kupada ise Parana ile çeyrek finale kadar yükseldi ve 5 maçta forma giydi.
Kashiwa Reysol
2002 yılı sonunda Brezilya Ligi bittikten sonra, Marcio Nobre Japon ligi takımlarından Kashiwa Reysol'a transfer oldu. Bu transferde takımın Brezilyalı menajeri Marco Aurelio'nun etkisi büyüktü. 15 maçın 13'ünde forma giyen Nobre ligde gol atamadı. Ligin ilk bölümünde takımı ligde 9. olabildi. Lig kupasında da forma giyen nobre takımının grup sonuncusu olmasına engel olamadı. 4 maçta 1 gol kaydetti. Golü Vegalta Sendai'ya 4-1 yenildikleri maçta kaydetti.
Cruzeiro Esporte Clube
Japonya'da başarısız bir sezon geçirmekte olan Nobre, Parana ile Brezilya ligindeki gösterdiği performansı ile daha büyük takımların dikkatini çekmişti. 2003 sezonunun ortasında Cruzeiro takımına transfer oldu. Bu takımda daha sonra da beraber oynayacağı Alex de Souza ve Edu Dracena ile beraber oynadı. Diğer ünlü takım arkadaşları ise Felipe Melo ve Claudio Maldonado'ydı. İlk golünü ligin sonlarına doğru Vasco de Gama'ya attı. Takımı bu golle maçı 1-0 kazandı. İkinci golünü ise eski takımı Parana'ya kaydetti. Nobre 14 maçta 3 gol kaydetti. Sezon sonunda Brezilya şampiyonu oldular. Bu şampiyonluk Cruzeiro'nun ilk şampiyonluğu oldu. Aynı sezon kupayı da kazandılar. Nobre ise kupada sadece bir maç forma giydi. Nobre ayrıca kariyerinde ilk kez Güney Amerika turnuvalarından Copa Sudamericana'da forma giydi. İki maçta oynayan Nobre, bir gol attı ancak takımı gruplardan çıkamadı.
Fenerbahçe
2003'te Brezilya sezonunun bitmesinden sonra Türkiye'de devam eden 2003-04 sezonu devre arasında Fenerbahçe'ye kiralandı. Nobre, Fenerbahçe'den ayrılana kadar her sezon kiralandı. 13 Ocak 2004'te Vitesse ile oynanan hazırlık maçıyla ilk kez Fenerbahçe forması giydi. 18 Ocak 2004'te ise Çaykur Rizespor karşısında ilk kez resmî bir maçta forma giydi. İlk maçında Fenerbahçe rakibi 4-1 yenerken, Nobre de iki gol kaydetti. Nobre 18 Süper Lig maçında oynayıp 12 gol attı. İlk Galatasaray derbisinde de gol attı. Sezon sonunda Türkiye'deki ilk şampiyonluğunu yaşadı.
2004-05 sezonunda Nobre, 34 lig maçının 33'ünde forma giyme başarısı gösterdi. Eski takım arkadaşı Alex de Souza'nın da takıma katılmasıyla gol sayısını artırdı. Alex 23 gol, Nobre ise 18 gol kaydetti. Önceki sezon olduğu gibi Kadıköy'de oynanan Galatasaray derbisinde gol atıp, Fenerbahçe'nin maçı 1-0 kazanmasını sağladı. Fenerbahçe sezon sonunda bir kez daha Türkiye şampiyonu oldu. Türkiye Kupası'nda da 5 maç oynayan Nobre 3 gol kaydetti ancak kupayı finalde Galatasaray'a 5-1 yenilerek kaybettiler. Kariyerinde ilk kez Avrupa sahnesine çıkan Nobre UEFA Şampiyonlar Ligi'nde forma giydi. 6 grup maçının 5'inde forma giyen Nobre, Manchester United ve Olympique Lyonnais'a iki gol attı.
2005-06 sezonunda bu sefer 29 maçta forma giyen Nobre, yine yüksek bir performans göstererek 17 gol attı. Fenerbahçe'nin en golcü ismi oldu. Ancak şampiyonluğu son hafta Denizlispor beraberliği ile kaybettiler. Bu sezon da Galatasaray'a gol atan Nobre, bu sefer Ali Sami Yen'de alınan 1-0'lık galibiyette galip getiren golü attı. Ayrıca Kadıköy'de oynanan maçta attığı kafa golüyle Beşiktaş karşısında 2-1 yenik durumda olan takımının berabere kalmasını sağladı. 6 Türkiye Kupası maçında 1 gol atarak takımının finalist olmasına yardım etti ancak oynamadığı final maçında Fenerbahçe, Beşiktaş'a uzatmalarda yenilerek kupayı alamadı. Yine Şampiyonlar Ligi gruplarında oynayan Nobre 6 grup maçında da forma giydi ve Schalke 04'e bir gol attı. Ancak grup dördüncüsü olarak başarısız oldu.
