Malik Fathi 1. FSV Mainz 05

2009-10 sezonunun ikinci yarısında Almanya'ya dönerek Mainz 05 forması giydi. Daha ilk maçında Borussia Mönchengladbach karşısında yaptığı asist ile takımının 1-0 kazanmasını sağladı. Sonraki sezon ligde beşinci oldular. Ancak Mainz'ın ilk 11'ine girmekte zorlandı. Dönem dönem Mainz'ın ikinci takımında da forma giydi.

2012-13 sezonunu kiralık geçirdikten sonra, Mainz'a geri dönen futbolcu zaman zaman ilk 18'e alınsa da sadece 2 kez forma giydi ve sezonun büyük bir kısmını ikinci takımda geçirdi. Nisan 2014'te takım arkadaşı Bo Svensson ile Fathi'nin sözleşmelerinin uzatılmayacağı kulüp tarafından açıklandı.

2012-13 sezonu başında Hasan Ali Kaldırım'nin Fenerbahçe'ya transfer olması sonucu, Kayserispor tarafından bir sezonluğuna kiralandı. Sezonun ilk yarısında 16 maça çıkan futbolcu, bütün maçlara ilk 11'de başladı. Ancak futbolcunun Türk vatandaşlığına geçmesi sağlanamadığı için yabancı statüsünde oynatılıyordu. Bunun da etkisiyle devre arasında sözleşmesi karşılıklı feshedildi. Devre arasında 2. Bundesliga ekibi TSV 1860 München'a kiralandı. Burada da sözleşmeyi imzaladıktan sonra oynanan 15 maçın hepsine ilk 11'de başladı.