Haydar Aliyev SSCB sonrası

Haydar Aliyev 20 Ocak 1990'da SSCB'nin Bakü'de yaptığı kanlı baskın ile ilgili olarak ertesi gün Azerbaycan'ın Moskova'daki konsolosluğunda beyanatla karşı çıkarak, Azerbaycan halkına karşı işlenmiş cinayetin teşkilatçılarının ve faillerinin cezalandırılmasını talep etmiştir. O, SSCB'nin dağıldığını görerek 1991 Temmuz ayında Sovyetler Birliği Komünist Partisi'ni terk etmiştir.

1992'nin başlarında Dağlık Karabağ'da Azerbaycanlıların yaşadığı son kasaba olan Şuşa'nın düşmesinin ardından Birinci Dağlık Karabağ Savaşı'nda şiddetin arttığı görüldü. Bu olaylar Mutallibov'un istifası ve ardından Abulfez Elçibey liderliğindeki Azerbaycan Halk Cephesi'nin iktidara gelmesiyle sonuçlandı. Elçibey, 1992 yılında Azerbaycan'ın ilk özgür ve adil seçimlerinde cumhurbaşkanı seçildi.

Elçibey'in iktidarda olduğu bir yıl boyunca Aliyev, Bakü'deki resmi hükûmete hiçbir saygı ve itimat göstermeden Nahçıvan'ı yönetmeye devam etti. Halk Cephesi İçişleri Bakanı İsgandar Hamidov'un Nahçıvan'da Aliyev'i zorla devirme girişimi, bölgesel havaalanındaki yerel milisler tarafından engellendi. Aynı dönemde Aliyev, Nahçıvan'da dönemin Ermenistan Devlet Başkanı Levon Ter-Petrosyan ile Bakü'den bağımsız olarak ateşkes anlaşması müzakere etti. Aliyev, 21 Kasım 1992'de Nahçıvan'da düzenlenen kuruluş kongresinde Yeni Azerbaycan Partisi'nin genel başkanlığına seçildi.

1993 yılında Elçibey'in görevden aldığı askeri komutan Surat Huseynov liderliğindeki Rusya destekli askeri darbeyle Elçibey iktidardan uzaklaştırıldı. Elçibey, darbeden sonra ülkenin iç savaşa girmemesi için Bakü'yü terkederek Nahçıvan'a sürgün girmeyi kabul etti. Aliyev daha sonra Azerbaycan'ın geçici Cumhurbaşkanı olarak atandı, ve Aliyev de darbeci Hüseynov'u başbakan olarak atadı. Tarihçi Audrey Altsadt ve Thomas de Waal'a göre Aliyev'in Hüseynov'un darbesinde doğrudan bir rolü yok gibi görünüyor. Ağustos 1993'te ülke çapında yapılan referandumla Elçibey'in cumhurbaşkanlığı görevinden alındı.

Aliyev, Elçibey'in Halk Cephesi partisine bağlı 33 taburu dağıttı. Bu kargaşanın ortasında Azerbaycan, Dağlık Karabağ ihtilafında Ermenistan'a çok büyük topraklar kaptırdı ve Birinci Dağlık Karabağ Savaşı'nı fiilen kaybetmiş oldu.

Aliyev, 3 Ekim 1993'te 1993 Azerbaycan cumhurbaşkanlığı seçimini düzenledi ve burada bilinmeyen iki adayın kendisine karşı yarışmasına izin verdi. Yüzde 98,8 oyla Azerbaycan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı seçildi. 11 Ekim 1998'de oyların yüzde 77'sini alarak yeniden seçildi. Aliyev 2003 cumhurbaşkanlığı seçimlerinde aday gösterildi ancak sağlık sorunları nedeniyle seçimlere katılmayı reddetti.

Haydar Aliyev 21 Nisan 2003 günü Bakü'deki Cumhuriyet Sarayı'nda düzenlenen törende rahatsızlanmıştır. Tedavisi için önce Türkiye'ye getirilmiş; daha sonra Ağustos 2003'te gittiği ABD'nin Ohio eyaletinin Cleveland şehrinde, 12 Aralık 2003'te kalp yetmezliği sebebiyle ölmüştür. Aliyev, 1999 yılında Atatürk Barış Ödülü'ne layık görülmüştür.