Erken kariyeri
Eyüp Aydın futbola 13 yaşında 1. FC Heidenheim altyapısında başladı. Daha sonra bedelsiz şekilde Bayern München altyapısına transfer oldu. Bayern Münih altyapısında U-17, U-18 ve U-19 takımlarıyla maça çıkan futbolcu daha sonra Bayern Münih'in ikinci takımı Bayern München II'ye transfer oldu. Burada ve Bavyera eyaletindeki en yüksek federasyon futbol ligi olan Regionalliga Bayern'de toplamda 63 maça çıktı ve 4 gol kaydetti.


