Eren Derdiyok Bayer Leverkusen

2009 sezonunda Alman Bayer 04 Leverkusen kendisiyle 4 yıllık sözleşme imzaladı. 31 Temmuz 2009'da Almanya Kupası ilk tur maçında SV Babelsberg 03 karşısında ilk kez Leverkusen forması giydi. 67. dakikada attığı golle Leverkusen maçı 1-0 kazanıp bir üst tura atladı.

8 Ağustos 2009'da ise Bundesliga'da ilk maçına çıkıp, Mainz 05 karşısında ilk golünü buldu. Teknik adam Jupp Heynckes'in favorilerinden olan Derdiyok, Stefan Kießling ile forvet hattını oluşturdu ve 33 maçta attığı 11 golle takımının en golcü ikinci ismi oldu. Leverkusen sezonu dördüncü olarak tamamladı.

2010-11 sezonuna da golle giriş yaptı. Almanya Kupası maçında FK Pirmasens'i 11-1 yendikleri maçta 2 gol kaydetti. Ligde ise ilk golünü ikinci haftada Borussia Mönchengladbach karşısında buldu. Toplamda 32 maçta 6 gol kaydedip, takımın lig ikincisi olmasına büyük katkı sağladı. Avrupa Ligi'nde 8 maçta 2 gol kaydetti.

2011-12 sezonuna da yine golle başladı. Almanya Kupası'nda Dynamo Dresden karşısında maçın ilk golünü kaydetti ama penaltılarla elendiler.