Emre Aygün Kulüp takımları kariyeri

Futbola Trabzon'da bir amatör takımı olan 24 Şubatspor'un altyapısında başladı ve ardından 2000 yılında Trabzonspor altyapısına transfer oldu. 2003 yılında profesyonelliğe geçiş mukavelesi imzalayarak as takıma yükseldi. Trabzonspor'da ilk Süper Lig karşılaşmasını 27 Nisan 2003 tarihinde Göztepe'ye karşı oynadı. Oyun tecrübesi edinmesi amacıyla 2004-05 sezonunda Yozgatspor'a kiralandı. Aynı şekilde 2005-06 sezonunda Akçaabat Sebatspor'da kiralık oynadı. 2006-07 sezonunda bonservisiyle beraber Akçaabat Sebatspor'a transfer oldu. Bir sezon burada oynadı ve ikinci sezonunda kiralık olarak Orduspor'da görev aldı. Sebatspor'a geri döndüğünde bir sezon burada oynadı ve 2009-10 sezonunda MKE Ankaragücü'ne transfer oldu. Burada sadece 10 Süper Lig karşılaşmasında oynama fırsatı buldu ve neticesinde sezon sonu takımdan ayrılarak Eskişehirspor'e transfer oldu. Yarım sezon burada oynadıktan sonra kulübü ile sözleşmesini karşılıklı olarak fesh ederek Gençlerbirliği ile sözleşme imzaladı.