Doğu Perinçek 2000'li yıllar

Perinçek, 2002 yılında dönemin Avrupa Birliği Komisyonu Ankara Temsilcisi olan Karen Fogg'un internet üzerinden gerçekleştirdiği yazışmaları ele geçirdi ve bu yazışmaları kamuoyuyla paylaştı. Fogg, Türkiye siyaseti ile ilgili konularda çeşitli isimlerle görüşmüştü. Bu görüşmelerin Perinçek tarafından kanıtlarıyla duyurulması gündeme oturdu. Fogg daha sonra, aynı yılın Temmuz ayında 4 yıllık görev süresini doldurduktan sonra Türkiye'den ayrıldı. Perinçek'in konu ile ilgili olarak "Karen Fogg'un E-Postalları" isimli bir eseri bulunmaktadır.

Perinçek ABD karşıtı görüşleriyle tanınan Avrasyacı Aleksandr Dugin ile yakın ilişkiler kurdu. Dugin Türkiye'ye gelerek Perinçek ile birlikte İşçi Partisi'nin düzenlediği Avrasya konferanslarına katıldı. Hasan Basri Özbey'e göre, Dugin'in Perinçek ile görüşmesinden sonra Dugin Türkiye ile Rusya'nın işbirliği konusunda olumlu görüşlere yöneldi. Hakan Aksay'a göre Dugin'in Türkiye hakkında görüşlerini olumlu yönde değiştirmesine bir etki de Rus Büyükelçi Albert Çernişev idi.

2005 yılında İsviçre'de Ermenilere 1915 yılında soykırım yapılmadığını iddia eden bir konuşması nedeniyle gözaltına alındı. İsviçre yargısı Perinçek'e "Ermeni Soykırımı'nı inkâr" gerekçesiyle 90 gün tecilli hapis ve 16.873 İsviçre frangı para cezası verdi. AİHM ise Perinçek'in ifade özgürlüğünün ihlal edildiğini ve İsviçre hükûmetinin savlarının aksine 1915 olayları ile Yahudi soykırımının kıyaslanamayacağını belirtti. Perinçek-İsviçre Davası başladı. Ekim 2015'te Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi Büyük Daire de Perinçek lehine karar verdi.

Perinçek, Ergenekon örgütü soruşturması kapsamında 21 Mart 2008 günü saat sabah 04.30 sıralarında, evine baskın yapılmak suretiyle, Cumhuriyet gazetesi imtiyaz sahibi ve başyazarı gazeteci İlhan Selçuk, İstanbul Üniversitesi eski rektörü Kemal Alemdaroğlu ve pek çok İşçi Partilinin de aralarında bulunduğu isimlerle birlikte gözaltına alındı. Yapılan sorgunun ardından tutuklandı. Perinçek; silahlı terör örgütü kurma, yönetme, zorla hükûmeti ıskata teşebbüs, T.C. hükûmetine karşı silahlı isyana tahrik, açıklanması yasak belgeleri temin etme suçlamasıyla İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesinde yargılanmıştır ve 5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında 117 yıl hapis cezasına çarptırıldı. 6 Mart 2014 tarihinde Özel Yetkili Mahkemelerin TBMM kararı ile kaldırılmasının ardından 10 Mart 2014 akşamında tahliye edildi.