Doğan Güreş Genelkurmay Başkanlığı

4 Aralık 1990 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı görevine atandı. Komutanlığı dönemindeki ilk sınır ötesi harekât Irak'a yapılmıştır. Türkiye'ye karşı sınır bölgelerinde saldırıları arttıran PKK'ya karşı 5-21 Ağustos 1991 tarihleri arasında Türk Hava Kuvvetleri'ne ait helikopter ve savaş uçakları eşliğinde Süpürge Harekâtı adı verilen sınır ötesi operasyon düzenlendi. Yine 2 Eylül 1992 tarihinde silahlı kuvvetler havadan ve karadan Türkiye-Irak sınırı yakınındaki ve Irak sınırları içerisindeki PKK kamplarına karşı havadan harekât gerçekleştirilmiştir. 11 Ekim 1991 tarihindeki "sınırlı" sınır ötesi operasyon ardından 25 Ekim 1991 tarihinde PKK militanları Çukurca ilçesinde üç jandarma karakoluna saldırmış, 17 asker ölmüş, saldırının akabinde Kuzey Irak'taki Kürt grupların desteği ile havadan ve karadan 25 Ekim 1991 tarihinde Irak'a sınır ötesi harekat başlatıldı, operasyonlar sonrası PKK ağır zayiat vermiştir.

Güreş'in komutanlığı döneminde PKK'ya karşı 28 Ocak 1994 tarihinde o güne kadar düzenlenen en kapsamlı sınır ötesi hava operasyonu yapıldı. Türk Savaş uçakları, Irak'ın başkenti Bağdat'ın doğusundaki Süleymaniye kenti yakınlarındaki PKK'nın Zeli Kampı'nı hedef aldı. 6 Şubat 1994 tarihindeki operasyonun ardından Hakkâri Dağ Komando Tugayı'nda Tuğgeneral Osman Pamukoğlu'nun komuta ettiği 4 bine yakın asker Irak topraklarına 15 kilometre içeri girerek teröristlerin bulunduğu bölgelerde operasyon yaptı. PKK ile mücadelede dönemin başbakanı Tansu Çiller ile uyumlu çalışmalarıyla tanınan Güreş, O zamanlar bir gazetenin "Tak emrediyor, şak yapıyorum" demecinde İngiltere Genelkurmay Başkanı'nın "Kadın Başbakanınız emir veriyor mu?" sorusuna "Ne demek rahat emir verebiliyor mu? Tak diye emir veriyor ben de şak diye selamı çakıp emri uyguluyorum" demişti. Yine Güreş'in genelkurmay başkanlığı döneminde Çekiç Güç olarak da bilinen, Türkiye'nin isteğiyle gerçekleştirilen ve Birleşik Krallık güçlerininde katıldığı Huzuru Temin Harekâtı sırasında Türkiye ile Birleşik Krallık arasında Yeşilova Olayı olarak adlandırılan kısa süreli bir kriz yaşanmış, Türkiye'ye sığınan Iraklı Kürt sığınmacılar için getirilen malzemelere el koymak isteyen Türk askerleri ile Britanya Kraliyet Deniz piyadeleri arasında yaşanan gerginlik yaşanmıştır. Yine komutanlığı döneminde bir sınır karakoluna PKK tarafından gerçekleştirilen saldırı sonrası gazeteci Uğur Dündar'ın genelkurmaya yönelik askerin yeterli eğitim görmeden PKK ile mücadele saflarına götürüldüğüne dair eleştirisine Doğan Güreş komando tugayını ziyareti sırasında "Bazı münafıklar var, yeterli eğitimi görmeden oraya götürülüyorlar diyor. Bunlar münafık" demişti.