Bayer Leverkusen
Tuncelili Alevi Kürt bir ailede, Almanya'da dünyaya gelen Naki, doğduğu şehrin takımlarından FC Düren 77'de futbol hayatına başladı. Bu dönemde Alman Federasyonu'nun düzenlediği futbol kurslarında eğitim gördü. 1996'dan 2003'e kadar ise FC Düren-Niederau takımının altyapısındaydı. 2003'te Bayer 04 Leverkusen'in altyapısına transfer oldu.
2007-08 sezonunda Leverkusen U-19 takımında forma giymeye başladı. Burada U-19 liginde 4 maçta 2 gol atıp, 2008 DFB Gençler Kupası'nın sahibi oldu. Naki, 3-0 kazandıkları final maçında bir de gol kaydetti. Böylece kısa sürede Bayer 04 Leverkusen takımına geçti. Almanya 4. ligi Oberliga Nordrhein'da yer alan takımda 25 maçta 5 gol kaydetti ve lig ikincisi oldular. Ayrıca kariyerinde ilk kez DFB-Pokal'da forma giydi ancak 2. Lig takımı SC Paderborn'a elendiler.
2008-09 sezonuna da Bayer Leverkusen II takımıyla başladı. İlk yarı 11 maçta 2 gol kaydetti. İkinci devre ise tecrübe kazanması için 2. Bundesliga ekibi Rot Weiss Ahlen'e kiralandı. İlk maçlarında oyuna sonradan dahil olup kendini belli edemese de son haftalardaki performansıyla dikkat çekti. 2. Bundesliga'daki ilk golünü FC St. Pauli'yi 1-0 yendikleri maçta atan futbolcu, son beş haftada dört gol atarak başarılı bir performans gösterdi.
FC St. Pauli
Kısa sürede FC St. Pauli'nin dikkatini çeken futbolcu, Haziran 2012'ye kadar sürecek bir sözleşmeye imza attı ve kısa sürede takımın vazgeçilmezlerinden oldu. St. Pauli formasını ilk kez 2 Ağustos 2009'da FC 1908 Villingen ile oynanan kupa maçında giydi. 65. dakikada oyuna giren futbolcu, uzatmalara giden maçta 2 gol kaydederek takımın bir üst tura çıkmasını sağladı. İlk lig maçında eski takımı Rot Weiss Ahlen'e karşı oynayan Naki, bir asist yaptı. İkinci lig maçında ise Alemannia Aachen'a ilk golünü kaydetti. 5 Kasım 2009'da Hansa Rostock deplasmanında oynanan maçta 84. dakikada takımını 2-0 öne geçiren Naki, kendisine karşı ırkçı tezahüratta bulunan Rostock taraftarlarına boğaz kesme hareketi yaptı. Bu maç sonrasında Naki, müsabakalardan 3 maç men edilirken, bazı yardım kuruluşlarına da bağış yapma cezası aldı. Sezon içinde 30 maça çıkan Naki, 7 gol 8 asist ile sezonu kapattı. St. Pauli, lig ikincisi olarak Bundesliga'ya çıkma hakkı kazandı.
21 Ağustos 2010'da SC Freiburg karşısında ilk Bundesliga maçına çıktı. Ancak Naki'nin Bundesliga serüveni pek parlak geçmedi. 20 maçta forma giyen Naki, sadece VfL Wolfsburg'a karşı bir gol atabildi. Kupadan erken elenen takım, Bundesliga'da da sonuncu olarak 2. Bundesliga'ya döndü. Sezon içinde bir kez de beşinci ligde oynayan ikinci takımla maça çıktı ancak sakatlandığı için oyuna devam edemedi. Sonraki sezonun başında da sakatlıklarla boğuşan futbolcu, Ekim ayında sahalara golle döndü. Sezonu dört gol, dört asist ile kapattı.
SC Paderborn
2012-13 sezonu transfer döneminin sonlarında 2. Bundesliga'da mücadele eden SC Paderborn 07'a transfer oldu. İlk golünü eski takımı FC St. Pauli'ye atan futbolcu, sonraki hafta da 1. FC Union Berlin ile oynanan maçta galibiyet golünü attı. Daha sonra zaman zaman ilk 11'de sahaya çıkan futbolcu, golle buluşamadı. 28 Nisan 2013'te VfR Aalen ile oynanan maçta 78. dkaikada oyundan çıkan futbolcu, 90. dakikada hakeme hareket ettiği nedeniyle yedek kulübesinde kırmızı kart gördü. İki maçta ceza alan Naki'nin Paderborn ile çıktığı son maç da bu maç oldu.
Gençlerbirliği
2013-14 sezonunun başında Süper Lig ekiplerinden Gençlerbirliği'nin teklifine evet diyen Naki, futbol kariyerinde ilk kez Almanya'nın dışına çıktı. 29 Eylül 2013 tarihinde Fenerbahçe ile oynanan lig maçında 76. dakika oyuna girerek kariyerinin ilk Süper Lig maçına çıktı. Ligde 16 maçta şans bulan futbolcu, sahaya sadece bir kez ilk 11'de çıkabildi ve golle buluşamadı. Gençlerbirliği ile tek golünü, Türkiye Kupası ikinci turu mücadelesinde Sarıyer'ya attı. Sonraki sezon ise beş maçta oynayan futbolcu, yine golle buluşamadı.
Futbolcu, Kasım 2014'te Ankara'da fiziki saldırıya uğradı. Bu saldırının sonucunda kulüple anlaşan futbolcu, sözleşmesini karşılıklı olarak feshetti.
15/16