Çandarlı Ali Paşa Süleyman Çelebi'ye vezirlik

Bu yenilgiden sonra I. Bayezid'in veziriazam olan Çandarlı Ali Paşa yanında Süleyman Çelebi ile birlikte önce Bursa'ya gidip sonra Rumeli'ye geçmek amacı ile kaçmaya başladılar ve Timur birliklerinin yakın kovalaması altında kaldılar. Çandarlı Ali Paşa ile Süleyman Çelebi önce Bursa'ya ve orada tutunamayıp Gemlik yoluyla Edirne'ye vardılar. 1402'de Edirne'de Süleyman Çelebi Osmanlı Devleti tahtına geçtiğini ilan edip ve Rumeli'de adına hutbeler okuttu. Başveziri Çandarlı Ali Paşa aracılığı ile Süleyman Çelebi sivil ve asker kadroların desteğini kazandı. 1403 başında Süleyman Çelebi ile Bizans İmparatoru taht naibi VII. İoannis, Venedik, Cenova, Rodos San Jean Şövalyeleri, Sırp Despotu Stefan Lazeraviç ve Latin Naksos Dükü arasında bir barış anlaşması imzalandı. Süleyman Çelebi resmen meşru Osmanlı Devleti hükümdarı olarak kabul edildi.

Süleyman Çelebi kardeşi İsa Çelebi'ye askeri destek vererek onu Bursa'ya gönderdi ise 1406'da İsa Çelebi, Bursa'da hüküm sürmeye başlayan Çelebi Mehmed tarafından öldürtülüp bertaraf edildi. Süleyman Çelebi tekrar Anadolu'yu ele geçirip Osmanlı devletini birleştirmeye karar verip harekete geçti. Rumeli'deki Osmanlı kuvvetlerini toplayıp Bizans yardımı ile Anadolu yakasına geçti. Çelebi Mehmed'in Bursa'da bulunmamasından istifade eden Süleyman Çelebi hemen hücuma geçerek Bursa'yı eline geçirdi. Çelebi Mehmed Amasya'ya çekildi. Takiben Süleyman Çelebi Anadolu'ya yürüdü; Veziriazam Çandarlı Ali Paşa'nın entrikası ile Ankara'yı aldı. Çelebi Mehmed'in geride bıraktığı arazileri talan edip Bursa'ya döndü. Bir dönem hem Rumeli ve hem Anadolu'nun hükümdarı olan Süleyman Çelebi barışçı bir tutumla buradan devleti idareye devam etti. Çelebi Mehmed Süleyman Çelebi'nin barışçıl tutumundan fırsat bularak tekrar Bursa üzerine yürüdü. Süleyman Çelebi ve Çelebi Mehmed orduları Yenişehir ovasında karşı karşıya geldiler. Fakat Süleyman Çelebi'nin veziriazamı olan Çandarlı Ali Paşa Çelebi Mehmed ordusunun danışmanları ile önceden gizli konuşmalara başladı ve onları Çelebi Mehmed'ten ayrılmaya inandırdı. Böylece savaşa girmeden ordusunun dağılması üzerine Çelebi Mehmed ordusuz tekrar Amasya'ya kaçmaya mecbur oldu.

Böylece Fetret Dönemi sırasında Çandarlı Ali Paşa, Süleyman Çelebi'nin vezir-i azamı olarak ve bütün idareyi kendisine bırakmış olan şehzadenin adına bir hükümdar gibi faaliyette bulundu. Eyalet-i Rum yani Sivas, Amasya, Tokat tarafları hariç olarak Süleyman Çelebi egemenliğini Anadolu ve Rumeli'de korumayı başardı.

Çandarlı Ali Paşa 18 Aralık 1406'da Ankara'da öldü. Onun ölümüyle Süleyman Çelebi'nin taht adayı kardeşler içindeki üstün konumu bozuldu.

Çandarlı Ali Paşa'nın cenazesi İznik'te babası Çandarlı Kara Halil Hayrettin Paşa'nın türbesine defenedildi.